Η ψυχοθεραπεία μπορεί να βοηθήσει σε μεγάλο βαθμό στην διαχείριση, στην ύφεση, σε ορισμένες περιπτώσεις και στην ίαση των συμπτωμάτων των αυτοάνοσων νοσημάτων, όπως για παράδειγμα, ο ερυθηματώδης λύκος ή η σκλήρυνση κατα πλάκας. Όπως συχνά λέγεται, όταν δεν μιλάει το στόμα, μιλάει το σώμα. Δηλαδή, συχνά τα αίτια των αυτοάνοσων νοσημάτων είναι ψυχικά. Όσα δεν μπορούμε να εκφράσουμε με λόγια, βρίσκουν τρόπο να εκφραστούν μέσα από άλλες διεξόδους, όπως τα σωματικά συμπτώματα. Ένας καλός ψυχολόγος ψυχοθεραπευτής μπορεί να βοηθήσει στην αναγνώριση και διαχείριση αυτών των ψυχικών αιτιών, γεγονός που με τη σειρά του βοηθάει στην ύφεση των συμπτωμάτων. Η ψυχοθεραπεία δια ζωσης ή online μπορεί επισης να βοηθήσει το άτομο που πάσχει από κάποιο αυτοάνοσο νόσημα να κατανοήσει τον τρόπο με τον οποίο το νόσημα επηρεάζει το σώμα και το μυαλό του και να διαχειριστεί το στρες που του προκαλεί το νόσημα.